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gene-structure-mapper

数据与分析

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更新于 10-15 16:44

技能介绍

用途:gene-structure-mapper 用于基因结构可视化,绘制外显子与内含子,并可在图中标注蛋白结构域和突变位置。适用于需要明确假设、限定范围、输出可复现的数据分析任务,也适用于缺少输入或执行出错时需要文档化回退路径的场景。

主要能力:外显子-内含子可视化;结构域注释;突变标记;输出格式支持 SVG、PNG、PDF。

使用方式:依赖 Python 3.10+,未显式固定第三方包版本,据资料无需额外 Python 包。先校验脚本,再运行: python -m py_compile scripts/main.py python scripts/main.py --help 示例: python scripts/main.py --gene TP53 --format svg 参数:--gene 基因符号(必填,如 TP53、BRCA1);--format 输出格式(可选,默认 svg,可选 svg、png、pdf);--output/-o 输出文件路径(可选,默认 stdout);--domains 是否包含结构域注释(可选标志);--mutations 需标记的突变位置,逗号分隔(可选)。

适用场景:基因结构图谱绘制、突变位点与结构域位置关系展示、需要可审阅一致输出的研究数据流程。

限制:资料未提供具体可视化细节、性能数据或第三方依赖版本信息;执行模式为本地运行脚本,涉及文件读写,风险等级中;资料未说明网络访问与外部 API(评估为无,风险低)。输出应区分假设、交付物、风险与未决项;输入缺失或超出范围时应停止并请求最小补充信息,不得编造文件、引用、数据或执行结果。当前阶段为 Draft。