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gene-info

数据与分析

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更新于 10-15 16:44

技能介绍

用途:gene-info 用于按基因符号检索权威数据库中的基因信息,适合需要基因详情、文献统计或批量分析基因列表的场景,强调可重复、清单式执行,而非开放式头脑风暴。

主要能力:从 NCBI PubMed 获取总发表数及指定关键词的发表数;从 NCBI Gene 获取官方基因描述与摘要;从 Ensembl 获取转录本数量和最大氨基酸序列长度;支持并行批量查询;支持从文本文件读取基因列表;支持将结果导出为 JSON 或 CSV;可选获取基因组序列和同源基因(如小鼠、大鼠同源物)。输出字段包括 gene、totalPublications、keywordPublications、summary、transcriptCount、maxAminoAcids、chromosome、organism,以及启用相应选项后的 sequence、orthologs。

使用方式:需 Python 3.10+。NCBI 建议提供邮箱以便高用量时联系,可选提供 API Key 提高速率限制。可通过环境变量 NCBI_EMAIL(推荐)、NCBI_API_KEY(可选)或命令行参数 --email、--api-key 设置。基本用法示例:python .trae/skills/gene-info/scripts/fetch_gene_info.py BRCA1;带关键词:python .trae/skills/gene-info/scripts/fetch_gene_info.py BRCA1 --keyword "breast cancer";批量:python .trae/skills/gene-info/scripts/fetch_gene_info.py BRCA1 TP53 EGFR --keyword "mutation";文件输入:python .trae/skills/gene-info/scripts/fetch_gene_info.py --file genes.txt --keyword "cancer",文件支持纯文本每行一个、CSV/TSV 自动识别 Gene 或 Symbol 列、以及逗号/空格/分号分隔的自由文本;导出:python .trae/skills/gene-info/scripts/fetch_gene_info.py BRCA1 TP53 --output results.csv;高级选项 --include-sequence 和 --include-homology。可先运行 python scripts/validate_skill.py --help 或 python scripts/fetch_gene_info.py --help 验证。

适用场景:需要基因详情、发表统计或分析基因列表的医学科研任务。

限制:缺少源数据、标识符、文件或凭据时不适用;不支持虚构结果或超出范围结论;更简单的直接回答可能更合适。第三方依赖未固定版本;具体收费、价格、平台兼容性等暂未提供。