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写作与研究

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更新于 10-15 16:44

技能介绍

用途:为学术论文 Markdown 文件自动查找并插入 PubMed 参考文献。读取论文全文,识别需要文献支持的知识点,检索候选文献,在原文插入 [PMID:xxxxxxxx] 标记,并生成候选参考文献清单,供后续 EndNote/Zotero 格式化使用。

主要能力:区分研究论文(Research Article)与综述(Review)并套用不同引用规则。研究论文仅在 Introduction 和 Discussion 引用,Methods 与 Results 跳过,每个知识点最多 2 篇,全文至少 30 个唯一 PMID;综述除 Conclusion 外均可引用,每知识点最多 5 篇,约每 100 词 1 条(±20%)。

使用方式:Step 0 询问可选 NCBI API Key(有则速度由 3 req/s 提升至 10 req/s,仅当前会话有效)。Step 1-3 确定文件与文章类型,识别需引用句子,整理为 JSON(如 %TEMP%\ref_queries.json,字段含 id、description、query、method,method 可选 pubmed、litsense、auto)。Step 4 运行: python "SKILL_DIR/scripts/batch_search.py" "%TEMP%\ref_queries.json" --max 5 Step 5-6 选择文献并插入 [PMID:XXXXXXXX],结果另存为原名加 _refs.md(不覆盖原文件)。Step 7 生成 _candidates.md 候选列表。Step 8 提示用户选择 EndNote 或 Zotero 继续格式化。

适用场景:医学与生命科学论文的英文文献检索与引用标记,尤其涉及流行病学数据、基因/蛋白功能、信号通路与已发表结论等句子。

限制:检索词须为英文;2024 年及以后文献 PubMed 索引可能延迟;429 限流由脚本自动退避重试(最多 4 次);本技能不运行 remap_refs.py 与 convert_to_docx.py,格式化由后续独立技能完成;无法确定请求时不予继续。