用途：比较两篇应用相同或高度相似实验方法（如 CRISPR 编辑、ELISA、Western blot、合成方案）的论文，识别方案在参数层面的差异，并检索文献解释差异原因，最终产出可分享的对比报告。
主要能力：以 Zotero 为中心检索条目并解析 PDF 附件；通过 mistral-pdf-to-markdown 流程将 PDF 转为 Markdown；提取试剂、浓度、比例、体积、温度、时长、细胞系、设备型号与设置、实验设计（对照、重复、随机/盲法）等；可选表格提取；对归一化字段做协议差异比较，生成参数对照表与显著差异列表；对每个主要差异查询 PubMed/Europe PMC/Semantic Scholar 并给出 High/Medium/Low 证据分级；生成含引用与高亮差异的 HTML 报告。
使用方式：先运行 python scripts/compare_methods.py --help 验证执行路径。端到端按 Zotero 检索词、附件 key 或本地 PDF 运行 python run_comparison.py，输出 comparison_report.html、method_details.json、explanations.json。也可分步执行：get_zotero_pdf.py、convert_pdf_to_markdown.py、extract_method_section.py、compare_methods.py、search_explanations.py、generate_html_report.py。可选表格提取用 extract_pdf_tables.py；PDF 下载解析用 download_full_pdf.py。
依赖：Python>=3.10；可选 pdfplumber>=0.10.0、PyPDF2>=3.0.0、requests>=2.31.0，安装命令 pip install "pdfplumber>=0.10.0" "PyPDF2>=3.0.0" "requests>=2.31.0"；需 Zotero MCP 工具与 MISTRAL_API_KEY；环境变量 ZOTERO_API_KEY、ZOTERO_LIBRARY_TYPE、ZOTERO_LIBRARY_ID、MISTRAL_API_KEY。
适用场景：复现性审计、实验室记录、方案标准化、方法学 QA、meta 分析前的方法提取。
限制：缺少源数据、标识、文件或凭据时不应使用；不得用于编造结果或超范围结论；证据分级依赖可检索文献；具体支持来源取决于环境工具链；价格与平台信息暂未提供。