用途：从批量表达矩阵（bulk expression matrix）计算 ESTIMATE 衍生的 StromalScore、ImmuneScore、ESTIMATEScore、TumorPurity 等肿瘤微环境评分，并生成可视化。适用于需要运行 ESTIMATE 免疫评分分析、从批量 RNA-seq 数据计算 ImmuneScore 与 StromalScore 的场景。
主要能力：将表达矩阵转换为 estimate 包输入文件并输出评分；始终生成样本级 ESTIMATE 评分热图；若提供样本分组文件，则额外生成分组箱线图与显著性汇总表（每个评分的 p 值及中位数较高组）。输出包括 data/expression_input.tsv、data/estimate_input.gct、data/estimate_score.gct、table/estimate_scores.tsv、plot/estimate_scores_heatmap.pdf，以及可选的 table/estimate_score_group_stats.csv 与 plot/estimate_scores_boxplot.pdf，同时生成 session_info.txt、output_manifest.txt、run_record.txt。
使用方式：通过 Rscript 调用 scripts/main.R。必要参数为 --input_file（CSV 或 TSV，第一列为基因标识，其余列为样本，表达值须为数值且无缺失，样本列名唯一）。可选参数包括 --group_file、--output_dir、--gene_id_type（GeneSymbol 或 EntrezID）、--platform（affymetrix、agilent 或 illumina）、--seed 等。示例：Rscript scripts/main.R --input_file ./expression_matrix.csv --group_file ./group_info.csv --output_dir ./output --gene_id_type GeneSymbol --platform affymetrix --seed 42。
分组文件要求：须含一个样本列与一个分组列，样本名需与评分表一致；仅支持两个分组水平，每组至少 3 个样本，否则报 SKILL_INVALID_PARAMETER。若分组比较在核心评分后失败，核心输出会保留并记录失败信息，命令以 SKILL_* 错误退出。
限制：不适用于单细胞 RNA-seq 或空间转录组；不用于免疫细胞解卷积（应使用类似 CIBERSORT 的工作流）；不用于组间差异分析；不用于临床诊断、治疗建议或患者级医疗决策。错误码包括 SKILL_FILE_NOT_FOUND、SKILL_MISSING_COLUMNS、SKILL_EMPTY_DATA、SKILL_INVALID_PARAMETER、SKILL_SAMPLE_MISMATCH、SKILL_PACKAGE_NOT_FOUND 等，详见 references/troubleshooting.md。测试可运行 Rscript tests/run_tests.R。依赖已安装的 R 包，具体安装清单暂未在资料中完整给出。