SuperAPI AI 工具集

encori-api

数据与分析

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更新于 10-15 18:28

技能介绍

用途:该技能用于以编程方式查询 ENCORI(The Encyclopedia of RNA Interactomes,即 StarBase)数据库,批量检索 miRNA-靶标相互作用、RNA-RNA 网络及其他调控相互作用数据。

主要能力:通过 encori_client.py 脚本访问多个数据模块,包括 miRNATarget(Ago CLIP-seq 支持的 miRNA-靶标相互作用)、degradomeRNA(degradome-seq 支持的 miRNA 切割事件)、RNARNA(ncRNA-RNA 相互作用网络)、ceRNA(ceRNA 网络)、RBPTarget(CLIP-seq 支持的 RBP-RNA 相互作用)、RBPDisease(疾病中 RBP-基因相互作用与体细胞突变)、RBPMotifScan(RBP 结合基序)、bindingSite(CLIP-seq 结合位点)。

使用方式:依赖 Python 3 与 requests 库。先运行 python -m py_compile scripts/encori_client.py 校验,再用 python scripts/encori_client.py --help 查看用法,随后以子命令加参数调用。常见参数有 --assembly(默认 hg38)、--geneType(默认 mRNA)、--cellType(默认 all)。示例:python .trae/skills/encori-api/scripts/encori_client.py miRNATarget --target PDCD4 --cellType HeLa;RNARNA --RNA TP53;ceRNA --family "miR-10-5p";RBPDisease --tissue breast --disease carcinoma --target MYC;bindingSite --datasetID SBDH2131。

适用场景:需要检索或获取 ENCORI 调控相互作用、且能提供必要标识符与参数的重复性、清单式任务。

限制:缺少源数据、标识符、文件或凭据时不应使用;不用于编造结果或超出范围结论;输入不全会提前停止。输出建议为 encori_api_result.md,并附验证摘要(PASS/FAIL)、假设与限制说明。具体数据库字段、返回格式与访问条款资料暂未提供。