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encode-api

编程与开发

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更新于 10-15 16:44

技能介绍

用途:该技能用于访问 ENCODE Project 数据库的 REST API,检索生物学数据,包括生物样本(biosample)、实验(experiment)等。适用于需要按关键词查询 ENCODE 数据,或按登录号(accession ID)获取特定对象的场景。

主要能力:提供封装好的 Python 客户端脚本 scripts/encode_client.py,可执行两类操作:一是 search_encode(term=..., limit=...) 按关键词搜索对象;二是 get_object(accession=...) 按登录号获取特定对象。

使用方式:依赖 requests,安装命令为 pip install -r requirements.txt。使用前可先运行 python -m py_compile scripts/encode_client.py 校验脚本,再用 python scripts/encode_client.py --help 查看用法。示例调用:from scripts.encode_client import search_encode 后传入 term 与 limit 进行搜索;from scripts.encode_client import get_object 后传入 accession 获取对象。执行流程为确认输入、输出路径与配置,运行脚本,审查输出并返回结果。

API 信息:基础 URL 为 https://www.encodeproject.org/;速率限制 10 次请求/秒;公开数据无需密钥,私有数据需提供 api_key 与 api_secret。

限制:缺少源数据、标识符、文件或凭据时不应使用;不得用于编造结果或超出范围的任务;依据资料,未提供定价、平台或其他未列明信息。