用途:根据用户给出的两种疾病/表型,生成完整的“双疾病转录组+机器学习”研究设计,适用于寻找共享转录组特征、枢纽基因或跨疾病生物标志物。仅接受基于公共GEO转录组数据的双疾病比较;单疾病、湿实验、临床试验、非转录组组学或系统综述不适用,会提示改用其他技能。
主要能力:输出Lite、Standard、Advanced、Publication+四种配置及一个推荐主方案;按步骤给出数据集与预处理、DEG与共享签名、富集分析、PPI与枢纽基因排序(STRING、MCODE、CytoHubba多算法)、ROC/AUC、免疫浸润、单基因GSEA、图件计划、验证与稳健性、风险审查、最小可执行版本与发表升级路径。内含容错:共享DEG为0时的恢复顺序、AUC≈0.5与小组样本的警示。
用法:用户最少只需提供两种疾病或表型;信息不足时推断默认设计并说明假设。提供R代码框架指引,使用GEOquery、limma、clusterProfiler、pROC、igraph、STRINGdb、WGCNA等,代码中GEO编号需带“EXAMPLE ID”注释,DEG交集后须有零交集守卫。
限制:不适用于单疾病、非GEO数据类型、湿实验与临床试验设计;免疫分析仅在疾病对适合时进行;小样本ROC不得过度解读,需bootstrap置信区间;单个枢纽基因仅标注为“生物标志物候选”,不得视为机制证据;免疫相关性不得当作因果。定价、平台支持与具体效果暂未提供。