用途：在 bulk 表达矩阵上执行可复现的两组差异表达分析，比较用户指定的 case 与 control 组，输出完整差异表达表、筛选后的 DEG 表、火山图以及 top 差异基因的聚类热图。
主要能力：采用 limma 拟合两组线性模型并构建 case - control 对比，计算经验贝叶斯调节统计量；按 p 阈值与 logFC 阈值筛选上下调基因并标注 up/down/no；支持按 --p_type 选择 P.value 或 P.adj 作为筛选与火山图显著性依据。
使用方式：Rscript scripts/main.R --input_file tests/data/oa_exp.csv --group_file tests/data/oa_group.csv --case OA --control control --output_dir ./results。必需参数为 --input_file、--group_file、--case、--control；可选参数包括 --output_dir（默认 ./DEG）、--diff_method（当前仅支持 limma）、--p_threshold（默认 0.05）、--logfc_threshold（默认 1）、--top_n（默认 5）、--p_type（默认 p.adj）、--run_plots、--timeout_seconds（默认 3600）、--seed（默认 42）。输出含 table/Diffanalysis.csv（name、logFC、P.value、P.adj）、table/DEG.csv、data/DEG_list.rda、plot/volcano_plot.pdf、plot/heatmap.pdf 与 session_info.txt。
适用场景：两分组批量转录组差异筛选、case 与 control 对比、需要火山图与热图的可复现分析。
限制：不适用于单细胞 RNA-seq、多组对比或因子设计、需要 DESeq2 或 edgeR 的 count 模型流程、批次校正或协变量调整模型、非表达组学数据。热图仅在排名后至少剩余两个基因时生成，结果稀疏时建议以表格和火山图为主；DEG.csv 可能为空。错误码含 SKILL_FILE_NOT_FOUND、SKILL_PACKAGE_NOT_FOUND、SKILL_MISSING_COLUMNS、SKILL_EMPTY_DATA、SKILL_INVALID_PARAMETER、SKILL_SAMPLE_MISMATCH、SKILL_TIMEOUT，详见 references/troubleshooting.md。测试可运行 Rscript tests/run_tests.R。资料未提供具体收费、平台或性能数据。