用途:评估二分类预测模型在不同阈值概率下是否带来临床净获益,并生成决策曲线与临床影响曲线。
主要能力:从单个临床 CSV 拟合 logistic 决策曲线模型(rmda::decision_curve()),支持 case-control 与 cohort 两种研究设计;可输出原始净获益 NB 或标准化净获益 sNB,可选置信区间;支持自定义阈值步长、置信水平、图颜色、标题与字号等。
必要用法:命令行运行,例如:Rscript scripts/main.R --data_file ./clinical_dca_data.csv --outcome_col fustat --predictor_col riskScore --output_dir ./output/。关键参数:--data_file(必需,CSV,行名为样本 ID)、--outcome_col(默认 fustat,0/1 二分类)、--predictor_col(默认 riskScore,数值型)、--study_design(默认 case-control,可选 cohort)、--population_prevalence(默认 0.3,仅 case-control 有效)、--threshold_by(默认 0.01)、--confidence_level(默认 0.95)、--population_size(默认 1000)、--show_confidence_intervals、--standardize_net_benefit、--overwrite、--seed(默认 42)。依赖 R 包 rmda,缺失时可安装:Rscript -e "install.packages('rmda', repos='https://cloud.r-project.org')"。
输出:data/dca_model.rds、table/dca_summary.txt、plot/decision_curve.pdf、plot/clinical_impact_curve.pdf 及 session_info.txt。
限制:不适用于生存/时间事件结局、仅 ROC 区分度分析、列线图或校准曲线、多分类或非二分类结局。输入需为 .csv,行名唯一,结局须为 0/1 编码数值,预测因子须为有限数值,至少 20 行且阳性、阴性各不少于 5 例。cohort 设计下 population_prevalence 无统计作用。错误码包括 SKILL_INVALID_PARAMETER、SKILL_FILE_NOT_FOUND、SKILL_MISSING_COLUMNS、SKILL_EMPTY_DATA、SKILL_PACKAGE_NOT_FOUND 等。版本 1.1.0,最后更新 2026-04-27。