用途：通过 CTD 批量查询 API，检索化学品、疾病、基因、通路和表型之间经人工审编或推断的关联数据。需要查询 CTD、获取毒理基因组学数据或研究化学-疾病关系时可使用。
主要能力：支持批量查询，按输入类型（chem、disease、gene、go、pathway、phenotype、reference）和一组标识符或名称获取指定报告类型的数据；输出格式可选 json（默认）、tsv、csv、xml。另可直接生成实体详情链接，如化学品 https://ctdbase.org/detail.go?type=chem&acc={ID}，疾病、基因、GO 词条、通路的链接格式类似，仅替换 type 与 acc。
使用方式：需 Python 3.10+。先编译校验脚本：python -m py_compile scripts/query_ctd.py；查看帮助：python scripts/query_ctd.py --help。查询示例：python scripts/query_ctd.py --inputType chem --inputTerms "Mercury" --report genes_curated --format json；或 python scripts/query_ctd.py --inputType gene --inputTerms "APP" --report diseases_curated。有效 inputType 与 report 组合见 references/ctd_api_docs.md。执行前应确认输入路径、输出路径、范围过滤、阈值等领域约束。
适用场景：需要批量、可重复、清单式地检索毒理基因组学数据的任务，输出结构化结果便于复核。
限制：第三方依赖未在包中固定版本，如需更严格控制需自行固定。当缺少必需源数据、标识符、文件或凭据时不适用；不应生成无依据的结果或结论。若校验失败或脚本报错，应指出具体缺失项与最小修复方式，并标明未能完成的检查。