该技能用于分析混合型CRISPR筛选数据,识别必需基因、耐药或敏感候选基因,并评估筛选质量。
用途:面向功能基因组学研究的筛选数据分析,覆盖活力筛选及药物耐药/敏感性研究。
主要能力:1)质控评估,计算Gini指数、读段深度、sgRNA缺失等指标;2)对数倍数变化(LFC)计算,比较处理与对照条件;3)稳健秩聚合(RRA)统计分析,基于z分数与Benjamini-Hochberg FDR校正;4)按FDR与倍数变化阈值进行命中识别;5)基因水平聚合;6)多样本、多重复与多条件支持。
使用方式:依赖Python 3.10+及numpy、pandas、scipy(见requirements.txt)。脚本入口为scripts/main.py。可先运行python -m py_compile scripts/main.py检查语法,再运行python scripts/main.py --help查看用法,随后按验证后的输入执行分析。如需调整参数,可编辑脚本内CONFIG块或文档化参数。执行前需确认输入路径、输出路径、范围过滤、阈值等。
适用场景:混合CRISPR筛选,包括活力筛选、药物耐药/敏感性研究;可与上游sgRNA设计、测序质控及下游通路富集、命中验证流程衔接。
限制:资料未提供具体安装命令、依赖版本、收费或价格信息;部分运行参数与配置细节暂未提供,需依据实际脚本帮助与参考材料确认。