用途：根据用户给定的癌种与研究取向（生物标志物、枢纽基因或预后方向），生成结构化、可执行的常规肿瘤批量转录组研究设计方案，而非文献综述或工具清单。
主要能力：按七步流程依次推断研究类型、选择研究模式（签名优先、枢纽基因优先、混合、免疫背景、转化验证），并始终输出 Lite、Standard、Advanced、Publication+ 四档工作量配置；推荐一个主方案并说明理由；提供强制性的参考文献检索层（仅允许可核验、带 DOI 或稳定链接的真实文献，禁止编造引用）；执行依赖一致性检查，明确对缺失证据层禁用相应结论；给出含八字段的分步工作流与 A–I 强制输出章节，包括核心科学问题、配置对比、依赖图、图表交付计划、验证与稳健性、最小可执行版本、发表升级路径、参考文献包和自批判风险审查。
使用方式：输入需包含癌种加研究方向，可选补充仅公共数据、无湿实验、单一最终先导基因、免疫角度、甲基化角度、目标期刊层级等约束。典型输入如“LUAD hub-gene study with TCGA + GEO and one final lead gene”。若细节不足，会推断合理默认值并显式声明假设。
方法约束：计数数据推荐 DESeq2，非计数表达矩阵（如标准化芯片、TPM/FPKM、对数转换矩阵）使用 limma，切换前须声明数据类型；每个终点筛选步骤须写明依赖公式，例如 DEG ∩ survival ∩ PPI hubs。
限制：不适用于临床试验方案、给药、处方及个体化治疗建议；不适用于纯单细胞、纯孟德尔随机化或纯 GWAS 研究；不适用于无计算规划框架的纯湿实验研究及非生物医学请求。免疫、甲基化或富集结果不得被表述为因果证据。方案仅供计算与转化研究设计使用，不构成临床、医学、监管或处方建议。