SuperAPI AI 工具集

clinvar-database

数据与分析

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更新于 10-15 16:44

技能介绍

用途:查询 NCBI ClinVar 数据库,按基因、疾病/表型或临床意义(如 BRCA1 + pathogenic)检索变异记录,并用于变异临床意义解读、报告分诊和变异注释流程。

主要能力:通过 NCBI E-utilities 以灵活查询词检索 ClinVar;获取临床意义类别(Pathogenic/Benign/VUS 等)及审核状态;结合 bcftools 将 ClinVar 标识与解读字段注释到 VCF;通过 ClinVar FTP 批量下载数据用于离线分析或定期刷新。

使用方式:检索用 python scripts/search.py --term "BRCA1[gene] AND pathogenic[CLNSIG]";VCF 注释用 python scripts/annotate.py --input input.vcf --output annotated.vcf。查询词支持 ClinVar/Entrez 语法(如 BRCA1[gene]、pathogenic[CLNSIG])。需要 Python >=3.8、requests,VCF 注释需系统安装 bcftools 并位于 PATH,pandas 为可选依赖。

参考文档:API 细节见 references/api_reference.md,临床意义定义见 references/clinical_significance.md。

适用场景:按基因/表型/临床意义查找变异、解读变异临床意义与审核状态、为 VCF 添加 ClinVar 注释、批量获取数据集用于离线或高通量注释。

限制:资料未提供具体返回字段格式、错误处理、速率限制、数据版本或更新频率等细节;实际输出内容以官方文档为准。