SuperAPI AI 工具集

clinpgx-database

数据与分析

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更新于 10-15 16:44

技能介绍

用途:这是一个面向药物基因组学(PGx)数据查询的技能,ClinPGx 是 PharmGKB 的后续资源,整合 CPIC、DPWG、PharmCAT 及监管药品标签内容,通过 REST API 支持基因型指导处方、安全性筛查和证据回顾。当用户需要查询基因-药物相互作用、CPIC 指南、等位基因功能或药品标签 PGx 内容时使用。

主要能力:基因查询(药基因元数据与注释)、药物/化学物查询、基因-药物配对查询(含 CPIC/DPWG/FDA/文献来源)、CPIC 指南记录与推荐组件、等位基因与变异查询(星号等位基因功能、定义变异、表型类别、变异级注释)、临床注释(证据分级 1A–4)、药品标签(按监管来源如 FDA)、药物药代/药效通路记录。

使用方式:API 基址为 https://api.clinpgx.org/v1/。常见资源:GET /gene/{symbol}、GET /chemical?name=...、GET /geneDrugPair?gene=...&drug=...、GET /guideline?source=CPIC&gene=...&drug=...、GET /allele/{star_allele}、GET /variant/{rsid}、GET /clinicalAnnotation、GET /drugLabel?drug=...&source=FDA、GET /pathway。打包脚本为 scripts/query_clinpgx.py。依赖 Python 3.10+ 与 requests>=2.31.0,安装命令:python -m pip install "requests>=2.31.0"。快速验证:python scripts/query_clinpgx.py --help。

限制与注意:API 限速 2 请求/秒,循环中建议间隔 0.5 秒,遇 HTTP 429 使用指数退避。临床使用需确认指南版本/日期、证据强度与人群背景(等位基因频率存在差异),并考虑表型转换及年龄、器官功能、合并用药等非遗传因素。缺少必需数据、标识符、文件或凭据时不应使用;不得编造结果或结论。输出应为结构化、可复现的交付物,默认文件名建议 clinpgx_database_result.md,并附验证摘要与假设说明。