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circos-plot-generator

数据与分析

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更新于 10-15 16:43

技能介绍

用途:为 Circos 环形可视化生成配置文件,覆盖基因组变异(SNP、CNV、结构变异如易位与倒位)、细胞间通讯网络、染色体核型图以及自定义轨道注释,简化复杂配置流程。

主要能力:支持变异直方图轨道、散点、热图、连接与文本轨道,多种轨道分层叠加;内置染色体尺寸(如 chr1 248,956,422 bp)与配色方案(default、nature、lancet、cell,可自定义十六进制色)。输出 circos.conf、data/karyotype.txt、data/*.txt,渲染后可得到 circos.png 与 circos.svg。

必要用法:Python 3.10+,依赖 yaml;打包入口为 scripts/main.py。可先执行 python -m py_compile scripts/main.py 与 python scripts/main.py --help 校验。使用时构造配置字典并调用生成器,例如 config = {"type": "variation", "title": "Genomic Landscape", "data": "variants.csv", "output": "./output"},再 result = generate_and_render(config, render=True)。渲染需安装 Circos:conda install -c bioconda circos;Perl 通常预装;GD 库用于图像生成。命令为 circos -conf circos.conf。

适用场景:全基因组或染色体子集变异视图、肿瘤微环境细胞通讯、多轨道比较与期刊投稿图。建议变异值归一化到 -1 到 +1,碱基分箱 1-10 Mb,轨道控制在 3-4 层,弱互作(weight < 0.2)可过滤;发表优先 SVG,草图可用 PNG,并归档配置以便复现。

限制:所有配置、字段与命令以资料为准,未提供的功能、收费与平台信息暂未提供;运行时可能因环境依赖、输入命名不一致(如 1 与 chr1)或数据范围问题产生警告或失败,需按 fallback 路径说明阻塞点。