用途：基于 LM22 风格签名矩阵，对 bulk 表达矩阵做本地 CIBERSORT 风格 nu-SVR 免疫反卷积，估计免疫细胞相对比例，并比较一个病例组与一个对照组；输出结构化表格、序列化结果对象与可选 PDF 图。
主要能力：反卷积得到免疫细胞分数；生成宽/长格式细胞比例表、分组比较汇总、样本级 P 值/相关性/RMSE 质量指标、免疫细胞 Spearman 相关矩阵及 P 值矩阵；可选样本堆叠组成图、分组箱线图、相关性热图。
使用方式：准备表达矩阵、分组文件、签名矩阵，运行：
Rscript scripts/main.R
--input_file ./expression_matrix.csv
--group_file ./group_info.csv
--signature_file ./LM22.txt
--case_group treatment
--control_group control
--output_dir ./output
--qn false
--seed 42
常用参数：-i/--input_file、-g/--group_file、-a/--case_group、-b/--control_group、-o/--output_dir、--signature_file、--sample_col、--group_col、--gene_id_case、--auto_unlog、--min_mean_expression、--perm、--qn、--svm_cores、--make_plots、--plot_width、--plot_height、-s/--seed、-t/--timeout_seconds、--verbose。
输入：表达矩阵 CSV/TSV，首列基因标识，其余为数值样本表达值；分组文件含样本列与分组列；签名矩阵默认 tests/data/LM22.txt，自定义需一个基因列加免疫细胞签名列，数值须有限。
输出：data/ 下 RDS 序列化输入、置换零分布、结果对象；table/ 下完整结果表、宽/长格式细胞比例表、分组比较、质量指标、相关矩阵及 P 值；plot/ 下 PDF 图；以及 session_info.txt、output_manifest.txt、run_record.txt。
限制：不适用于单细胞 RNA-seq、空间转录组或聚类；不用于绝对临床解读、治疗建议或患者级医疗决策；不支持需在线 CIBERSORT 服务的请求；单次运行仅支持一个病例组对一个对照组；--perm=0 时 P 值记为 NA；--qn false 可用于规避部分容器中 preprocessCore 的线程失败。