用途：从已知关键基因列表出发，结合内置 miRNA-mRNA 与 miRNA-lncRNA 参考表，构建 ceRNA 调控网络，并导出扁平 CSV 与 PDF。适用场景包括由一份基因列表构建 ceRNA 网络并导出结果、比较 combined、starbase、mirdb、mirtarbase 及其两两交集等 miRNA 数据源模式、在不同 lncRNA 严格度、布局或绘图参数下重复运行同一本地流程。不适用于差异表达、单细胞、富集或生存分析，也不适用于不基于关键基因列表的工作流，或仅需 miRNA-mRNA 图而不要保留 lncRNA ceRNA 层的情况。
输入：关键基因列表为纯文本文件（每行一个基因符号），或命令行中以逗号分隔的字符串。空行与以 # 开头的行被忽略，重复基因会被去重，至少需要一个有效基因。可选参数覆盖数据集模式、lncRNA 严格度、布局、颜色与超时。
用法：依赖 igraph，所有模式（包括 --help）均需先安装 igraph。命令示例：Rscript scripts/main.R --key_genes tests/data/gene.txt --output_dir ./output/ --mirna_dataset combined --lncrna_strictness High --lncrna_freq_thresh 0 --timeout_seconds 600 --seed 42。主要参数：-i/--key_genes、-o/--output_dir（默认 ./output/）、-m/--mirna_dataset（默认 combined，可选 combined、starbase、mirdb、mirtarbase、starbase+mirdb、starbase+mirtarbase、mirdb+mirtarbase）、-l/--lncrna_strictness（High、Median、Low，默认 High）、-f/--lncrna_freq_thresh（默认 0）、--layout_type（kk、fr、nicely、circle、grid、randomly，默认 kk）、--plot_width、--plot_height、各节点颜色与大小、--show_legend、-t/--timeout_seconds、-s/--seed。
输出：ceRNA_network_edges.csv（含 node1、node2 列）、ceRNA_network_nodes.csv（含 node、type、degree 列）、ceRNA_network.pdf（网络可视化）、session_info.txt（R 会话与包版本）。
限制：须提供有效关键基因列表；两两交集模式通常比 combined 模式边数少 20–40%；过滤后若无 lncRNA 相互作用会以 SKILL_INVALID_DATA 停止，需降低 --lncrna_freq_thresh 或更换数据集/严格度；可能出现文件缺失、空文件、空数据、缺少列、无效参数、依赖缺失、超时或运行错误，详见 references/troubleshooting.md。