用途：把用户给出的疾病/表型/机制/标志物/分层等方向，转化为可执行的 bulk 组学研究设计，覆盖转录组、蛋白组、代谢组及整合组学。它不是通用组学工具清单、文献综述，也不是完整论文写作器。
主要能力：推断真实生物学或转化目标；依据 references/study-patterns.md 选定主导研究模式；输出 Lite/Standard/Advanced/Publication+ 四档工作量配置并推荐主方案；给出数据策略与示例数据集方向（须标注不确定性并附数据集免责声明）；选择核心分析模块与具体方法；定义样本分组与对照逻辑；生成逐步工作流；按证据层级设计验证阶梯；规划图表逻辑与交付物；仅在获得可核实文献时提供文献支持。
使用方式：输入一个或多个有效方向，如疾病或表型加组学兴趣、用转录组/蛋白组/代谢组研究的机制主题、需样本级分子图谱的标志物或亚型问题、适合 bulk 组学的临床关联或分层问题，或直接要求设计组学工作流、数据策略与验证路径。可选补充偏好的组学类型、是否仅用公共数据、湿实验条件、目标层次、是否需要转化/标志物/亚型产出。执行按 7 步顺序：推断研究意图、选择主导模式、输出四档配置、推荐主方案（可加文献层）、依赖一致性检查、生成工作流、补充验证/图表/风险复核。输出固定为 A–L 章节，含研究意图摘要、最佳研究模式、四档配置、主推荐方案、数据策略、分析模块与方法、样本设计、逐步工作流、验证与证据层级、图表与交付计划、文献支持、自评风险。当推荐转录组差异分析时，计数数据默认 DESeq2，非计数归一化数据默认 limma。
限制：不提供患者个体诊断或治疗建议；不处理无 bulk 组学成分的纯单细胞项目；不编造数据集、accession、样本数、PMID、DOI、期刊或验证状态；不承诺公共库必然存在适用数据；问题可由单一模态回答时不强行多组学整合；通路富集、网络推断、去卷积或潜因子结果不得当作因果证据；治疗后或结局后测量不得当作基线预测因子除非明确标注；未验证的生存或响应建模不建议；高级步骤不得依赖前文未引入的数据类型或队列。资料未提供具体收费、价格、平台与安装命令信息。