用途:该技能用于以编程方式访问 BRENDA 酶数据库,适合需要酶动力学参数、反应信息或酶性质数据的科研与数据整理场景。
主要能力:可检索动力学数据(Km、kcat、Vmax)、反应方程式及相关元数据、酶性质(最适 pH/温度、稳定性、抑制剂与激活剂),并支持按底物、产物或 EC 号发现酶。脚本会解析 BRENDA SOAP 返回的复杂分隔字符串,将其规范化为 Python 可用的字典或列表结构。
使用方式:依赖 Python 3.x、zeep 与 requests,安装示例为 uv pip install zeep requests。需通过环境变量或 .env 提供凭据:export BRENDA_EMAIL="your_email@example.com" 与 export BRENDA_PASSWORD="your_password",然后运行 python scripts/brenda_queries.py。也可在 Python 中导入 BrendaClient,传入邮箱与密码后调用 get_km_values(ec_number="1.1.1.1")、get_reactions(ec_number="1.1.1.1") 等方法。可用方法参见 references/api_reference.md。
适用场景:为建模、注释或人工审编流程自动化获取 BRENDA 数据;按 EC 号或酶名查询反应与性质;按底物或产物发现相关酶。
限制:需要有效的 BRENDA 账号凭据;缺少必要输入、标识符、文件或凭据时不应使用;不得用于编造结果或超出范围的数据;输出应可复现,若产生文件建议命名为 brenda_database_result.md,并附验证摘要。具体可用端点与参数以项目内 API 参考为准,资料未提供完整方法清单。