SuperAPI AI 工具集

biopython-phylo

编程与开发

查看项目

更新于 10-15 16:44

技能介绍

用途:该技能用于系统发育树的解析、格式转换、结构操作、统计与可视化,适合在命令行或脚本流程中处理进化树数据。

主要能力:通过 Bio.Phylo 读写 Newick、NEXUS、phyloXML 等常见格式;遍历树以定位分支、按名称剪枝、以指定外群重定根;计算成对距离、距离矩阵及基于分支长度和拓扑的简单统计;支持 ASCII 渲染用于日志或终端输出,也可用 Matplotlib 生成出版级图像。

使用方式:采用配置优先的执行方式,参数写入 config/task_config.json,脚本通过 python scripts/phylo_task.py 调用。读取用 Phylo.read(input_tree, input_format),写出用 Phylo.write(tree, output_tree, output_format)。剪枝用 tree.prune(target=<name>),重定根用 tree.root_with_outgroup(outgroup_clade),外群通过 tree.find_any(name=...) 定位。ASCII 输出用 Phylo.draw_ascii(tree, file=...),绘图使用 Agg 非交互后端并保存为图片。文件统一以 encoding="utf-8" 打开,JSON 输出使用 ensure_ascii=False。

依赖:biopython>=1.80;绘图可选 matplotlib>=3.7。

限制:分支长度可能缺失(None),统计时应忽略缺失值;剪枝时未找到的名称会被跳过,是否视为错误取决于策略;重定根时若外群不存在会抛出 ValueError。其余收费、平台或效果信息暂未提供。