用途:通过 Bio.Entrez 调用 NCBI E-utilities,在自动化流程中检索 PubMed 文献、获取元数据与摘要、按 accession 或查询批量下载 GenBank 等记录,以及跨库转换标识符、发现关联记录(如 PubMed↔PMC、Gene↔Protein)。
主要能力:支持 esearch、efetch、esummary、elink;可先检索获得 ID 列表,再批量获取摘要或完整记录;支持 GenBank、FASTA、XML 等常见格式;支持 API key 配置与限速友好的请求模式;可用 Entrez.read 解析 XML 响应。
使用方式:依赖 biopython>=1.80。运行时配置写入 config/task_config.json,任务通过 python scripts/<task_name>.py 调用,避免堆叠大量 CLI 参数。文件 I/O 使用 UTF-8 编码,JSON 输出使用 ensure_ascii=False。示例流程为:esearch 获取 ID,esummary 获取摘要,再写入 JSON。
限制与注意:NCBI 有请求频率限制,使用 API key 可提高吞吐;请求间应加入小延迟,并对 HTTP 429/5xx 等瞬时错误做退避重试。大批量任务建议使用 usehistory="y" 配合 WebEnv/QueryKey,或分块(如每请求 100–500 个 ID)处理。具体数据库选择与说明可参考 references/databases.md。其余细节暂未提供。