用途:该技能封装 bioDBnet(biological Database network)REST 网络服务,用于整合多数据库生物数据、转换标识符,以及检索通路或直系同源信息。适用于需要将基因/蛋白 ID 转换、查找通路或获取生物注释的场景。
主要能力:核心功能由 scripts/biodbnet_client.py 提供,负责向 bioDBnet API 发起 HTTP 请求。常见操作包括:ID 转换(db2db,如 Gene Symbol 转 Affy ID)、通路检索(getPathways,获取某分类单元的信号通路)、直系同源(dbOrtho,查找物种间直系同源)、注释获取(dbAnnot,检索基因/蛋白注释)。references/ 目录提供任务相关参考,references/api_methods.md 列出支持的方法及参数。
使用方式:需 Python 3.10+。先编译校验脚本,再查看帮助,然后按方法调用: python -m py_compile scripts/biodbnet_client.py python scripts/biodbnet_client.py --help python scripts/biodbnet_client.py --method <method_name> --params <json_params> 执行前应确认输入、输出路径及所需配置值;若脚本使用固定设置,可编辑文件内 CONFIG 块或文档化参数。输出建议采用确定性文件名,如 biodbnet_api_result.md,并附简短验证摘要,说明检查内容、假设与剩余限制。
适用场景:可重复、清单驱动的生物信息学任务,如批量 ID 转换、通路与注释查询、跨物种直系同源映射。
限制:当缺少必需源数据、标识符、文件或凭据时不应使用;不适用于要求编造结果、无依据结论或超出范围的任务;若更简单的直接回答即可满足,也不建议使用。第三方包版本未在本技能包中明确固定,如需更严格环境控制应自行添加固定版本。失败时应说明缺失字段、文件或参数及最小修复方式;外部依赖或脚本失败时给出命令路径、可能原因与恢复步骤;部分输出需明确标注并说明未完成的检查。