SuperAPI AI 工具集

bio-ontology-mapper

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更新于 10-15 16:44

技能介绍

用途:将非结构化生物医学文本中的疾病、症状、操作、药物等概念映射到标准化本体,用于语义互操作与数据规范化。支持 SNOMED CT、MeSH、ICD-10、LOINC、RxNorm、HGNC。

主要能力:实体识别与映射;模糊匹配处理拼写错误、缩写与同义词;置信度评分;批量处理大型数据集;跨本体转换(如 SNOMED CT 与 ICD-10-CM、MeSH 与 SNOMED CT、RxNorm 与 ATC、LOINC 与 SNOMED)。

使用方式:依赖 Python 3.10+,入口为 scripts/main.py。可先校验脚本:python -m py_compile scripts/main.py,再查看帮助:python scripts/main.py --help。运行前需确认输入路径、输出路径、范围过滤、阈值与领域约束;脚本使用固定设置时需编辑文件内 CONFIG 块或文档化参数。参数包括 --term、--input、--output、--ontology、--threshold、--format、--use-api、--api-key。

适用场景:临床与科研文本的术语规范化、PubMed 索引、诊断编码、检验结果标准化、药物名称归一化、基因名称标准化,以及跨本体数据整合。

限制:多对多映射常见,需依赖上下文;罕见病与新概念可能不在本体中;本体版本更新会改变映射;主要支持英文;不适合时间敏感的临床实时应用;多数查询依赖网络 API,缓存可缓解。该工具面向研究与数据整合,不用于临床决策;使用前应由领域专家验证,处理 PHI 需先去标识化并满足合规要求。资料未提供具体收费、价格与平台信息。