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bio-causal-genomics-pleiotropy-detection

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更新于 10-15 16:44

技能介绍

用途:在孟德尔随机化(MR)因果推断中检测并校正水平多效性,验证排除性假设是否成立。

主要能力:

  1. MR-PRESSO:运行全局多效性检验、识别离群 SNP、执行 distortion 检验,并给出剔除离群值后的校正估计。
  2. MR-Egger:通过截距检验方向性多效性,并给出多效性校正后的因果估计;同时计算 I-squared 评估 NOME 假设下的工具强度。
  3. Steiger 过滤:验证工具变量作用方向(暴露→结局),剔除方向错误的工具后重跑 MR,并做总体方向性检验。
  4. 其他敏感性方法:contamination mixture、MR-RAPS(注意 MRAPS CRAN 包已于 2025 年 3 月归档,可改用 MendelianRandomization 包或从 GitHub 安装)、多变量 MR。
  5. 综合敏感性框架:一次性运行 IVW、MR-Egger、加权中位数、加权众数、异质性、Egger 截距、留一法与 MR-PRESSO 并汇总。

使用方式:在 R 中安装并加载 MRPRESSO 与 TwoSampleMR,输入经协调的暴露/结局数据(需 beta.exposure、beta.outcome、se.exposure、se.outcome 等列)。示例安装命令:remotes::install_github('rondolab/MR-PRESSO')。MR-PRESSO 的 NbDistribution 建议至少 1000,SignifThreshold 常用 0.05。

适用场景:MR 因果推断的敏感性分析、多效性诊断与结果稳健性验证,以及按 STROBE-MR 指南报告分析结果。

限制:参考示例基于 MR-PRESSO 1.0+ 与 TwoSampleMR 0.5+,版本不同需核对参数;Egger 在 SNP 少于 10 个时检验效能低;I-squared 低于 0.9 时 Egger 估计可能不可靠;MR-RAPS 的 CRAN 包已归档。本技能仅处理其文档所述工作流,超出范围或缺少关键输入时应停止并请求补充。