alphafold-db

用途：按 UniProt 登录号（如 P00520）获取 AlphaFold DB 预测的蛋白质三维结构，用于结构下载与预测可靠性评估。主要能力：下载 mmCIF（默认）或 PDB 格式结构文件；获取并保存元数据 JSON，包含 pLDDT 等置信度相关字段与 URL 信息；支持通过 UniProt ID 批量抓取结构及置信度指标，可接入自动化流程；PAE 数据可用于域层面解读或域间置信度检查。使用方式：依赖 Python >=3.8 与 requests >=2.25；示例命令为 python scripts/fetch_structure.py --uniprot_id P00520 --output_dir ./out --format cif，改为 --format pdb 可获取 PDB；输出为目录下的 P00520.cif（或 .pdb）与 P00520_metadata.json，后者含置信度与 AlphaFold DB URL 相关字段；API 端点与响应细节见 references/api_reference.md。适用场景：需要按登录号获取预测结构、评估每残基置信度、提取 PAE 支持域分析，或为下游流水线批量抓取结构。限制：输入须为 UniProt 登录号；具体 API 细节以参考文档为准，资料未提供其他平台、收费或效果说明。