setup

用途

本技能用于蛋白质设计工具的首次环境配置（Setup）。当用户是新手、尚未运行任何工具，或命令因“file not found”等原因失败时使用，帮助用户将环境准备好，以便运行蛋白质设计相关工具。

快速检查清单

遇到配置问题时，可按以下步骤检查并修复：

Modal CLI：检查 modal --version，修复方式为 pip install modal
Modal 认证：检查 modal token show，修复方式为 modal setup
biomodals：检查 ls biomodals/modal_*.py，修复方式为 git clone https://github.com/hgbrian/biomodals
测试：执行 cd biomodals && modal run modal_boltzgen.py --help，若失败参见故障排查

常见错误诊断

错误：“modal: command not found” 原因：未安装 Modal CLI。修复：pip install modal，随后重启终端或运行 hash -r。
错误：“Permission denied”或“Unauthorized” 原因：Modal 未认证。修复：modal setup，会打开浏览器，点击“Authorize”完成认证。
错误：“No such file or directory: modal_boltzgen.py” 原因：未克隆 biomodals 仓库，或不在正确目录下。修复：
```
git clone https://github.com/hgbrian/biomodals
cd biomodals
```
错误：“uvx: command not found” 原因：uvx 是 uv 包提供的可选包装器，并非必需。修复：直接运行 modal（推荐）：
```
modal run modal_boltzgen.py --help
```
或如偏好使用 uvx，可安装 uv：
```
pip install uv
```

完整配置步骤

第 1 步：安装 Modal CLI

pip install modal

验证：modal --version

第 2 步：认证 Modal

modal setup

会打开浏览器，点击“Authorize”。验证：modal token show

第 3 步：克隆 biomodals

git clone https://github.com/hgbrian/biomodals
cd biomodals

验证：ls modal_*.py 应显示类似 modal_boltzgen.py 的文件。

第 4 步：测试配置

cd biomodals
modal run modal_boltzgen.py --help

预期：出现使用说明，显示 --input-yaml、--protocol、--num-designs 等选项。

配置完成后的常见工作流

配置完成后，用户可以：

cd biomodals

# 使用 BoltzGen 设计结合体（需要 YAML 配置）
modal run modal_boltzgen.py --input-yaml binder.yaml --protocol protein-anything --num-designs 50

# 使用 RFdiffusion 生成骨架（官方仓库，非 biomodals）
python run_inference.py inference.input_pdb=target.pdb contigmap.contigs=[A1-150/0 70-100] inference.num_designs=100

# 使用 Chai 进行验证
modal run modal_chai1.py --input-faa designs.fasta

GPU 选择

可通过环境变量设置 GPU：

GPU=L40S modal run modal_boltzgen.py --input-yaml config.yaml --num-designs 50
GPU=A100 modal run modal_chai1.py --input-faa complex.fasta

GPU	显存	最适合
T4	16GB	ProteinMPNN、ESM
A10G	24GB	RFdiffusion、Chai
L40S	48GB	BoltzGen、BindCraft
A100	40-80GB	大型复合物

Modal 免费额度

Modal 提供每月 $30 的免费额度，足够用于：

约 500 次 BoltzGen 设计
约 2000 个 RFdiffusion 骨架
约 1000 次 Chai 预测

限制与说明

本资料未提供除上述内容之外的其他功能、收费价格或平台信息。