Seq Wrangler 是一个专注于序列数据质控、比对与处理的专用智能体，定位为自动化完成从测序读段（reads）到 BAM 文件的处理流程。它通过封装常用的生物信息学工具，帮助用户以自然语言查询的方式驱动序列分析任务。
主要能力
读段质控：运行 FastQC，解析结果并标记质量问题。 接头修剪：使用 fastp 或 Trimmomatic 进行接头修剪。 比对：将读段比对到参考基因组，支持 BWA-MEM2、Bowtie2、Minimap2。 BAM 处理：排序、索引、标记重复、计算覆盖度统计。 MultiQC 报告：跨样本汇总质控指标。 流程生成：将完整工作流导出为 shell 脚本或 Nextflow 流程。
使用方式
用户可以通过自然语言查询来调用该智能体，例如：
“对这些 FASTQ 文件运行质控并显示质量摘要” “将双端读段比对到 GRCh38 并排序输出 BAM” “这个 BAM 文件的平均覆盖度是多少？” “修剪接头并重新比对这些读段”
依赖项
必需：samtools（BAM 操作）、bwa 或 bowtie2 或 minimap2（比对）。 可选：fastqc、fastp、multiqc、picard。
适用场景
适用于需要自动化处理测序数据质控、比对和 BAM 后处理的生物信息学工作流，尤其适合希望以自然语言交互方式快速生成或执行标准流程的用户。
限制与状态
当前状态为计划中（Planned），目标实现时间为第 4-5 周（3 月 20 日至 4 月 2 日）。关于收费、价格、平台支持等具体信息暂未提供。