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更新于 11-01 00:15

数据与分析

17,214 个结果

kegg-database

KEGG Database 是一个通过 REST API 直接访问 KEGG(京都基因与基因组百科全书)的技能,仅限学术用途。它支持通路分析、基因-通路映射、代谢通路查询、药物相互作用检查以及 ID 转换等操作,主要面向 Python 环境。该技能提供 Python 辅助函数(scripts/kegg_api.py)和详细参考文档(references/kegg_reference.md),涵盖数据库信息查询、条目列表、关键词与分子属性搜索、条目检索、ID 转换、交叉引用和药物-药物相互作用等核心操作,并附带多种常见分析工作流。

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matchms

Matchms 是一个开源的 Python 库,用于质谱数据的处理与分析,面向代谢组学和质谱分析场景。它支持从 mzML、mzXML、MGF、MSP、JSON 等多种格式导入谱图,并对元数据进行标准化、峰过滤和化学注释处理。库内提供余弦相似度(CosineGreedy、CosineHungarian)、修饰余弦(ModifiedCosine)、中性丢失余弦、指纹相似度等多种谱图相似性度量,可用于未知谱图与参考库的匹配和化合物鉴定。Matchms 还支持通过 SpectrumProcessor 构建可重复的多步骤处理流程,并提供 Spectrum 对象用于管理 m/z、强度和元数据。安装方式为 uv pip install matchms,如需分子结构处理(SMILES、InChI)可安装 matchms[chemistry]。

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pytdc

PyTDC(Therapeutics Data Commons)是一个面向药物发现与开发的开源科学平台,提供 AI 就绪的数据集与基准测试,覆盖治疗药物研发全流程。它将数据按用途分为三类:单实例预测(分子/蛋白质性质,如 ADME、毒性、HTS、量子力学性质)、多实例预测(药物-靶点相互作用 DTI、药物-药物相互作用 DDI、蛋白-蛋白相互作用 PPI 等)以及生成任务(分子生成 MolGen、逆合成 RetroSyn、配对分子生成)。平台提供标准化的评估指标与有意义的数据划分(如 scaffold、cold、temporal 等),并包含基准组(如 ADMET 基准组)、数据划分、模型评估、数据处理工具以及 17 个以上的分子优化 oracle。可通过 pip 安装,使用 `uv pip install PyTDC`,核心依赖自动安装。适合在药物发现或治疗相关机器学习任务中使用,进行模型基准测试、分子性质预测、相互作用预测与目标导向的分子生成。

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reactome-database

Reactome Database 是一个免费、开源的精选通路(pathway)数据库技能,包含 2,825+ 条人类通路。它通过 Reactome 内容服务(ContentService)与分析服务(AnalysisService)的 REST API,以及 reactome2py Python 客户端,支持查询生物通路、进行过表征(overrepresentation)与表达数据分析、将基因或蛋白质映射到通路、探索分子相互作用、研究疾病相关通路,并可借助分析 token 在 Reactome Pathway Browser 中可视化结果,面向系统生物学研究场景。

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scikit-bio

scikit-bio 是一个用于处理生物数据的综合 Python 库,适用于生物信息学分析,涵盖序列操作、比对、系统发育、微生物生态学与多元统计。它支持 DNA、RNA、蛋白质等生物序列的读写与转换,可处理 FASTA、FASTQ、GenBank、Newick、BIOM 等 19 种以上生物文件格式。主要能力包括:序列比对(全局/局部、多序列比对)、系统发育树构建与分析(UPGMA、邻接法、GME、BME)、多样性指标计算(alpha/beta 多样性、UniFrac 距离)、排序分析(PCoA、CCA、RDA)、生态统计检验(PERMANOVA、ANOSIM、Mantel)以及蛋白质语言模型嵌入的处理。该库可与 Biopython、pandas、polars、AnnData、scikit-learn 及 QIIME 2 生态集成,常用于微生物组多样性分析、系统发育分析和比较基因组学等场景。安装命令为 uv pip install scikit-bio。

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scikit-learn

scikit-learn 是 Python 中经典的机器学习库,本技能为其提供系统化的使用指导,覆盖监督学习(分类、回归)、无监督学习(聚类、降维)、数据预处理、模型评估与超参数调优,以及构建生产级 ML 流水线。适合需要可解释、经典机器学习方法的场景,支持结构化(表格)数据与文本数据。技能内含快速上手示例、完整流水线代码、示例脚本与参考文档,并给出避免数据泄漏、仅在训练集上拟合、分层切分、设置随机种子等最佳实践,以及收敛警告、过拟合、大数据内存不足等常见问题的排查思路。

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seaborn

Seaborn 是一个用于创建出版级统计图形的 Python 可视化库。它面向数据集进行绘图,支持多变量分析、自动统计估计,并能以极少的代码生成复杂的多面板图形。其核心设计理念包括:面向数据集,直接使用 DataFrame 和具名变量而非抽象坐标;语义映射,自动将数据值翻译为颜色、大小、样式等视觉属性;具备统计感知能力,内置聚合、误差估计和置信区间;提供出版级主题和调色板;并与 matplotlib 完全兼容。该技能涵盖关系图(scatterplot、lineplot、relplot)、分布图(histplot、kdeplot、ecdfplot、jointplot、pairplot)、分类图(stripplot、swarmplot、boxplot、violinplot、barplot、catplot)、回归图(regplot、lmplot、residplot)、矩阵图(heatmap、clustermap)以及 FacetGrid、PairGrid、JointGrid 等多面板网格。用户可通过函数式接口或声明式的 objects 接口进行绘图,并利用 hue、size、style、col、row 等参数实现语义映射与分面。适用于探索性数据分析、相关性分析、分布比较和出版级图表制作等场景。

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