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更新于 10-28 00:17

数据与分析

17,086 个结果

data-exploration

这是一个用于探索未知结构化数据文件的技能,基于 dasel v3 实现。当需要了解陌生配置、API 响应或数据集的 schema 与结构、在修改文档前摸清其形状、排查嵌套配置(如 Kubernetes清单、CI流水线、包文件)、对大型数组或深层嵌套对象进行采样,以及在转换或抽取前确认数据类型时,可以启用该技能。dasel 支持 json、yaml、toml、xml、csv、hcl、ini 等格式,并可根据文件扩展名自动识别格式,从标准输入读取或扩展名不明确时可用 -i 参数显式指定。技能给出了一套通用的探索流程:先检测格式,再用 keys($this) 列出顶层键,小文件可直接整体输出,大文件则逐层导航或使用递归键发现;随后可对数组进行采样(如 items[0:3])、用 typeOf 检查节点类型、按已知路径抽取具体值。此外还包含广度优先探索、基于 search() 谓词的大文件搜索、使用 len 统计元素、去重发现唯一值以及递归下降等探索模式。

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datamol

datamol 是一个基于 RDKit 的 Python 分子化学信息学库,通过 import datamol as dm 使用,所有分子对象均为原生 rdkit.Chem.Mol 实例,与 RDKit 生态完全兼容。它提供轻量、Pythonic 的抽象层,以合理默认值、高效并行化和现代 I/O 能力简化复杂分子操作。主要能力包括:分子格式转换(SMILES、SELFIES、InChI)、结构标准化与净化、分子描述符与指纹、3D 构象生成与分析、聚类与多样性选择、骨架与片段分析、化学反应应用、可视化与对齐、批量并行处理,以及通过 fsspec 支持云存储。安装方式为 uv pip install datamol,RDKit 会随 datamol 自动安装;访问 S3、GCS、HTTP 等远程路径需安装对应的 fsspec 后端(如 s3fs、gcsfs)。示例针对 datamol 0.12.x(PyPI 稳定版 0.12.5,2024 年 6 月)。

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deepchem

DeepChem 是一个面向化学、材料科学与生物学的 Python 机器学习库,用于分子性质预测、药物发现、材料设计和生物分子分析。它提供专门的神经网络、分子特征化方法和预训练模型,支持加载 SMILES、SDF、蛋白质序列等数据,使用 MoleculeNet 基准数据集(如 Tox21、BBBP、Delaney),并可通过传统机器学习或图神经网络(GCN、GAT、MPNN、AttentiveFP)进行 ADMET、毒性等性质预测。核心工具(加载器、特征化器、MoleculeNet)无需深度学习后端即可使用,GNN 与 Transformer 模型需安装对应的 torch、tensorflow 或 jax 扩展。示例基于 deepchem 2.8.0,要求 Python 3.7–3.11。

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medchem

Medchem 是 datamol-io 开发的 Python 库,用于药物发现中的分子过滤与优先级排序。它构建在 RDKit 和 datamol 之上,提供文献来源的药物相似性规则(如 Lipinski 五规则、Veber、CNS、类先导化合物规则)、命名警示目录(PAINS、Brenk、NIBR 等)、分子复杂度阈值、化学基团检测以及自定义查询语言,可对大规模化合物库进行筛选和分类。示例基于 medchem 2.0.5(PyPI 稳定版,2024 年 11 月),要求 Python ≥3.9,依赖 datamol 和 RDKit(自动安装)。RuleFilters 和结构过滤类返回 pandas DataFrame。Lilly demerits 需要可选的原生二进制文件(mamba install lilly-medchem-rules)。该工具适用于将药物相似性规则应用于化合物库、按结构警示或 PAINS 过滤分子、为先导化合物优化排序、计算复杂度指标、检测官能团或命名子结构目录,以及构建多条件过滤器。

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molfeat

molfeat 是一个用于分子特征化的 Python 库,可将 SMILES 字符串或 RDKit/datamol 分子转换为数值特征,统一整合了 100 多种预训练嵌入与手工特征器。它提供计算器(molfeat.calc)、兼容 scikit-learn 的转换器(molfeat.trans)以及预训练转换器(molfeat.trans.pretrained)三层结构,支持并行处理、批处理与内置缓存,适用于 QSAR/QSPR 建模、虚拟筛选、相似性搜索、化学空间分析和深度学习等分子机器学习任务。示例针对 molfeat 0.11.0,需 Python 3.9–3.10,依赖 datamol ≥0.8.0 与 PyTorch ≥1.13。

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pkpd-modeling

pkpd-modeling 是 kalarislabs/research-agent-skills 中的药代动力学与药效学(PK/PD)建模与仿真技能,用于回答药物在体内如何变化以及药物对机体产生何种作用的问题。它提供一组命令行脚本,覆盖非房室分析(NCA)、房室模型拟合与模型选择、群体 PK 数据集检查、给药方案仿真、暴露-反应分析、生物等效性评价、异速生长与儿科/首次人体剂量推算、药物相互作用静态评估以及治疗药物监测贝叶斯估计。脚本统一支持 table/tsv/json 输出格式,数据写入 stdout、发现与溯源写入 stderr,并以退出码区分无发现、有发现和输入错误,便于接入自动化流程。该技能强调暴露指标与分析人群须事先固定、结构模型/变异模型/协变量模型应分别决策、收敛不等于可识别性三条原则,并明确其只做计算、诊断与结构化,不替代生物等效性判定、剂量选择、患者给药决策或监管审评。

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rdkit

RDKit 是一个综合性的化学信息学库,提供 Python API 用于分子分析与操作。该技能指导用户读写分子结构(SMILES、MOL/SDF、InChI)、计算描述符(MW、LogP、TPSA 等)、生成 Morgan/MACCS/原子对等指纹、进行子结构搜索、化学反应处理、2D/3D 坐标生成以及分子可视化。适用于药物发现、计算化学和化学信息学研究任务。安装推荐使用 conda-forge,也可通过 uv pip install rdkit 安装。

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