A skill that supports the writing of scientific and academic papers. It provides structural templates according to journal format, section-specific writing patterns, and conventions for citations and figure/table references.
SATORI version reference rule
Important: When referring to the SATORI version within a manuscript (Authors, Acknowledgements,
AI Disclosure, etc.), you must not hard-code the version number.
Always package.json の version Read the field and use the actual value.
✅ 正しい例: GitHub Copilot Agent (SATORI v0.5.1) ← package.json から取得
❌ 誤った例: GitHub Copilot Agent (SATORI v0.2.0) ← 古いバージョンのハードコード
Retrieval procedure:
- Workspace
package.jsonRead versionRetrieve the value of the field- Within the manuscript,
SATORI v{version}Describe in the format
When to Use
- When creating a draft of an academic paper
- When writing Abstract / Introduction / Methods / Results / Discussion
- When a paper structure tailored to a specific journal format is needed
- When creating a Cover Letter / Response to Reviewers
- When reviewing the section structure of an existing manuscript
Quick Start
1. Template Selection Guide
ジャーナル形式の選択フロー:
Q1: 投稿先は？
├── Nature / Nature Communications / Nature Materials → nature_article.md
├── Science / Science Advances → science_research_article.md
├── ACS Nano / JACS / Chem. Mater. → acs_article.md
├── IEEE Trans. / IEEE Access → ieee_transactions.md
├── Elsevier 系 (Acta Mater., etc.) → elsevier_article.md
├── Qiita 技術記事 → qiita_technical_article.md
└── その他 / 不明 → imrad_standard.md (最も汎用的)
2. Basic Principles of Paper Structure
## 論文構成の CARS モデル (Create A Research Space)
### Introduction の 3 ステップ:
1. **Establishing a territory** — 研究分野の重要性・先行研究の概観
2. **Establishing a niche** — 先行研究のギャップ・未解決の問題
3. **Occupying the niche** — 本研究の目的・アプローチ・主要な発見
### Discussion の構成:
1. 主要な発見の要約（Results の再述ではなく解釈）
2. 先行研究との比較・位置づけ
3. メカニズムの考察・理論的意味
4. 研究の限界 (Limitations)
5. 将来の展望 (Future perspectives)
6. 結論 (Conclusion) — 一部ジャーナルでは独立セクション
3. Section-Specific Writing Patterns
Abstract (Structured Abstract)
## Abstract テンプレート（250 words 以内が一般的）
**Background/Context**: [研究分野] において [課題/問題] は依然として [重要な課題] である。
**Objective/Purpose**: 本研究では、[手法/アプローチ] を用いて [研究目的] を達成することを
目的とした。
**Methods**: [材料/データ] に対して [実験手法/解析手法] を適用した。
[主要なパラメータ/条件] は [値] とした。
**Results**: [主要な定量的結果を 2-3 文で記述]。
[統計的有意性: p < 0.05, 効果量, 信頼区間などを含む]。
**Conclusions**: これらの結果は [解釈/意義] を示唆しており、
[応用/今後の展望] に有用である。
**Keywords**: keyword1, keyword2, keyword3, keyword4, keyword5
Introduction
## Introduction テンプレート（800-1500 words）
### 第 1 段落: 研究分野の重要性
[研究分野] は [産業/科学的意義] において重要な役割を果たしている [ref1, ref2]。
特に [特定のトピック] は [理由] から注目を集めている。
### 第 2 段落: 先行研究の概観
これまでに [研究グループ A] は [手法/発見] を報告しており [ref3]、
[研究グループ B] は [別の手法/発見] を示した [ref4]。
さらに [研究グループ C] による [成果] は [意義] を明らかにした [ref5, ref6]。
### 第 3 段落: ギャップの特定
しかしながら、[未解決の課題 1] や [未解決の課題 2] は依然として明らかにされていない。
特に [具体的なギャップ] については [理由] から十分な検討がなされていない。
### 第 4 段落: 本研究の目的
本研究では、[アプローチ/手法] を用いて [目的] を明らかにすることを目指した。
具体的には、(1) [サブ目的 1]、(2) [サブ目的 2]、(3) [サブ目的 3] を検討した。
Methods / Experimental
## Methods テンプレート
### 2.1 Materials / Datasets
[材料名] (純度 XX%, [メーカー名], [国]) を使用した。
[データセット名] は [出典/生成方法] から取得した (n = XXX)。
### 2.2 Experimental Procedure / Data Processing
[装置名] ([型番], [メーカー名]) を用いて [条件] で [操作] を行った。
[パラメータ 1] は [範囲/値]、[パラメータ 2] は [範囲/値] とした。
### 2.3 Characterization / Analysis
[分析手法] ([装置型番]) を用いて [測定対象] を評価した。
測定条件は [条件の詳細] とした。
### 2.4 Statistical Analysis
統計解析には [ソフトウェア名] (ver. X.X) を使用した。
群間比較には [検定名] を用い、有意水準は p < 0.05 とした。
多重比較には [補正法] を適用した。
Results
## Results テンプレート
### 3.1 [実験/解析 1 の結果]
**図表の導入**: Figure 1a に [測定対象] の [可視化内容] を示す。
**定量的記述**: [パラメータ] は [値 ± SD] (n = XX) であった。
**比較・傾向**: [条件 A] と比較して [条件 B] では [XX]% の [増加/減少] が
観察された (p = X.XXX, [検定名])。
**図表の参照**: この傾向は Figure 1b の [内容] からも確認される。
### 注意: Results での禁止事項
- ❌ データの解釈・推測（→ Discussion で記述）
- ❌ 先行研究との比較（→ Discussion で記述）
- ❌ 方法の説明（→ Methods で記述）
- ✅ 客観的な事実と数値のみ記述
Discussion
## Discussion テンプレート
### 第 1 段落: 主要な発見の要約
本研究の主要な発見は以下の 3 点である:
(1) [発見 1 — 最も重要な結果]、
(2) [発見 2]、(3) [発見 3]。
### 第 2 段落: 先行研究との比較
[発見 1] は [先行研究の結果] と一致しており [refX]、
[メカニズム/理論] を支持する結果である。
一方、[発見 2] については [先行研究 Y] の報告 ([refY]) と
異なる結果が得られた。この差異は [考えられる理由] に
起因すると考えられる。
### 第 3 段落: メカニズムの考察
[観察された現象] のメカニズムとして、
[仮説/モデル] が考えられる (Figure X)。
[根拠 1] および [根拠 2] がこの解釈を支持している。
### 第 4 段落: 限界と展望
本研究にはいくつかの限界がある。
第一に [限界 1]、第二に [限界 2] である。
今後 [将来の研究方向] を検討することで、
[期待される成果] が得られると考える。
### 第 5 段落: 結論
以上の結果から、[主要な結論] が示された。
本研究は [分野] における [貢献/意義] を提供するものである。
4. Conventions for Referencing Figures and Tables
## 図表参照のジャーナル別書式
| ジャーナル | 図の参照 | 表の参照 | 補足図 |
|---|---|---|---|
| Nature 系 | Fig. 1a | Table 1 | Extended Data Fig. 1 |
| Science 系 | Fig. 1A | Table 1 | fig. S1 |
| ACS 系 | Figure 1a | Table 1 | Figure S1 |
| IEEE 系 | Fig. 1(a) | TABLE I | — |
| Elsevier 系 | Fig. 1(a) | Table 1 | Fig. S1 |
| IMRaD 標準 | Figure 1 | Table 1 | Supplementary Figure S1 |
## 図表キャプションの書き方
**Figure キャプション**: 一文目は図全体の説明（太字）。
二文目以降でパネルごとの説明 (a) ..., (b) ..., (c) ...
**Table キャプション**: 表の上に配置。内容を一文で要約。
略語は表の下部に脚注として記載。
5. Citation and Reference Format
## 引用スタイル一覧
### Nature 系（番号順）
本文: "... has been reported¹."
文献: 1. Author, A. B., Author, C. D. & Author, E. F.
Title of article. *Journal* **vol**, pages (year).
### Science 系（番号順）
本文: "... has been reported (1)."
文献: 1. A. B. Author, C. D. Author, E. F. Author,
Title of article. *Journal* **vol**, pages (year).
### ACS 系（番号順、上付き）
本文: "... has been reported.¹"
文献: (1) Author, A. B.; Author, C. D.; Author, E. F.
Title of Article. *Journal* **year**, *vol*, pages.
### IEEE 系（角括弧番号）
本文: "... has been reported [1]."
文献: [1] A. B. Author, C. D. Author, and E. F. Author,
"Title of article," *Journal*, vol. X, no. Y, pp. XX-YY, year.
### Elsevier 系（著者名-年）
本文: "... has been reported (Author et al., 2024)."
文献: Author, A.B., Author, C.D., Author, E.F., 2024.
Title of article. Journal Vol, pages.
6. Cover Letter Template
Dear Editor,
We are pleased to submit our manuscript entitled "[タイトル]" for
consideration for publication in [ジャーナル名].
[1-2 文で研究背景と動機を記述]
In this study, we [研究の主要なアプローチを記述].
Our key findings include:
(1) [主要な発見 1],
(2) [主要な発見 2], and
(3) [主要な発見 3].
These results [研究の意義・インパクトを記述], which we believe will be of
significant interest to the readership of [ジャーナル名].
This manuscript has not been published or submitted elsewhere.
All authors have approved the manuscript and agree with its submission
to [ジャーナル名]. We declare no competing interests.
We suggest the following reviewers:
1. Prof. [Name], [Affiliation] ([email])
2. Prof. [Name], [Affiliation] ([email])
3. Prof. [Name], [Affiliation] ([email])
Thank you for your consideration.
Sincerely,
[Corresponding Author Name]
[Affiliation]
[Email]
7. Response to Reviewers Template
# Response to Reviewers
We thank the reviewers for their constructive comments, which have
significantly improved our manuscript. Below we address each comment
point by point. Reviewer comments are shown in **bold**, and our
responses follow each comment. Changes in the revised manuscript
are highlighted in blue.
---
## Reviewer 1
**Comment 1**: [レビュアーのコメントをそのまま引用]
**Response**: We thank the reviewer for this insightful comment.
[回答の内容]
We have revised the manuscript accordingly (page X, lines YY-ZZ).
> **Revised text**: "[修正箇所の文章を引用]"
---
**Comment 2**: [コメント]
**Response**: [回答]
---
## Reviewer 2
**Comment 1**: [コメント]
**Response**: [回答]
8. Figure Embedding Workflow
When writing a paper, embed figures generated by analysis into the manuscript.figures/ Automatically detects image files saved in the directory and inserts them into the body text using Markdown image syntax.
## 図の埋め込みルール
### 基本手順
1. `figures/` ディレクトリを走査し、生成済みの画像ファイル一覧を取得する
2. 各図を Results セクションの該当箇所に `` で埋め込む
3. Figure Captions / Figure Legends セクションにも同じ画像を配置する
4. Supplementary の図は `` で埋め込む
### 画像埋め込み構文
#### 本文中（Results セクション）
- 結果の記述と共に図を直接埋め込む
- キャプションは図の直下に記述する
**Figure 1.** [図の説明]
#### マルチパネル図
- composite figure は 1 つの画像として埋め込む
- パネルの説明はキャプション内で (a), (b), (c) で記述する
**Figure 2.** [図全体の説明。]
(a) [パネル a]。(b) [パネル b]。(c) [パネル c]。
### ジャーナル別の図参照 + 埋め込み
| ジャーナル | 埋め込み例 |
|---|---|
| Nature 系 | `` + `**Fig. 1 \| [タイトル].**` |
| Science 系 | `` + `**Fig. 1. [タイトル].**` |
| ACS 系 | `` + `**Figure 1.** [説明]` |
| IEEE 系 | `` + `**Fig. 1.** [説明]` |
| Elsevier 系 | `` + `**Fig. 1.** [説明]` |
| Qiita | `` |
### figures/ ディレクトリの走査
論文執筆時、以下の手順で図を収集する:
1. ワークスペース内の `figures/` ディレクトリを検索
2. `.png`, `.svg`, `.pdf` ファイルを一覧取得
3. ファイル名から図番号・内容を推定（例: `violin_hardness.png` → 硬さの Violin Plot）
4. Results の記述順に合わせて Figure 番号を割り当て
5. 本文中の該当箇所に画像を埋め込み、キャプションを生成
9. AI Usage Disclosure
Many journals mandate disclosure of generative AI use. Since AI does not meet the requirements for authorship,do not list it as an author。
## AI 使用開示の記載場所（ジャーナル別）
| ジャーナル | 記載場所 | ポリシー |
|---|---|---|
| Nature 系 | Methods セクション末尾 | 必須 (2023年〜) |
| Science 系 | Acknowledgements | 必須 |
| ACS 系 | Methods or Acknowledgements | 推奨 |
| IEEE 系 | Acknowledgements | 推奨 |
| Elsevier 系 | 専用 AI Disclosure セクション | 必須 (2024年〜) |
AI Usage Disclosure Template
Note: Version numbers must be retrieved dynamically from package.json.
## Methods セクション末尾（Nature 系）
**Use of AI tools**: This study used GitHub Copilot Agent with SATORI
skills (v{package.json の version}) for [具体的な用途: data analysis /
figure generation / manuscript drafting / literature review].
All AI-generated content was reviewed and verified by the authors,
who take full responsibility for the content of this publication.
## Acknowledgements（Science / ACS / IEEE 系）
The authors acknowledge the use of GitHub Copilot Agent with SATORI
skills (v{package.json の version}) for [具体的な用途].
All outputs were critically reviewed and validated by the authors.
## AI Disclosure セクション（Elsevier 系）
During the preparation of this work, the authors used GitHub Copilot
Agent with SATORI skills (v{package.json の version}) for [具体的な用途].
After using this tool, the authors reviewed and edited the content as
needed and take full responsibility for the content of the publication.
Rules for the Authors Section
## AI をオーサーに含める場合の注意
❌ 禁止: AI ツールをオーサーとして記載してはならない
(ICMJE ガイドライン: オーサーシップには説明責任が必要)
❌ 誤り:
Author A¹, GitHub Copilot Agent (SATORI v0.2.0)¹, Author B²
✅ 正しい:
Author A¹*, Author B²
（AI 使用は Methods / Acknowledgements / AI Disclosure に記載）
10. Supplementary Information Structure
## Supplementary Information テンプレート
# Supplementary Information for:
# [論文タイトル]
[著者名]
## Supplementary Figures
**Figure S1.** [キャプション]
**Figure S2.** [キャプション]
## Supplementary Tables
**Table S1.** [キャプション]
## Supplementary Methods
### S1. [追加実験手法の詳細]
### S2. [追加解析手法の詳細]
## Supplementary References
[SI 内でのみ引用した文献]
ToolUniverse Integration
| TU Key | Tool Name | Integration Details |
|---|---|---|
crossref |
Crossref | Paper metadata search and citation information retrieval |
References
Output Files
| File | Format |
|---|---|
manuscript/manuscript.md |
Markdown Manuscript |
manuscript/figures/ |
Figure/Table Directory |
manuscript/supplementary.md |
Supplementary Information |
manuscript/cover_letter.md |
Cover Letter |
manuscript/response_to_reviewers.md |
Response to Reviewers |
Template File (assets/)
| File | Supported Journals |
|---|---|
assets/imrad_standard.md |
IMRaD Standard Format |
assets/nature_article.md |
Nature / Nature Communications |
assets/science_research_article.md |
Science / Science Advances |
assets/acs_article.md |
ACS Nano / JACS / Chem. Mater. |
assets/ieee_transactions.md |
IEEE Transactions |
assets/elsevier_article.md |
Elsevier Journals |
assets/qiita_technical_article.md |
Qiita Technical Articles (AI for Science Series) |
Referenced Skills
| Skills | Integration |
|---|---|
scientific-hypothesis-pipeline |
docs/hypothesis.md Read and automatically reflect in the Introduction's research hypothesis and Methods' analysis plan |
scientific-critical-review |
Self-review after completing the draft. Recommended to always perform before submission |
scientific-publication-figures |
figures/ Embed the figures and tables into the manuscript |
scientific-pipeline-scaffold |
results/analysis_summary.json Reference numerical and statistical results from |
scientific-statistical-testing |
Used for accurate description of statistical claims |
Positioning in the pipeline
hypothesis-pipeline → pipeline-scaffold → academic-writing → critical-review
(仮説定義) (解析実行) (草稿作成) (レビュー・修正)
When writing the paper, refer to the following files:
docs/hypothesis.md— Hypothesis definition (reflected in Introduction / Methods)docs/workflow_design.md— Analysis workflow (reflected in Methods)results/analysis_summary.json— Analysis results summary (reflected in Results)figures/*.png— Figures and tables (embed in the main text with)